Ο νόμος που κατά βάση διέπει τη φορολόγηση της ναυτιλίας στην Ελλάδα είναι ο 27/1975, μέρος του οποίου κατοχυρώνεται συνταγματικά στο άρθρο 107 του Συντάγματος. Σε αδρές γραμμές, σύμφωνα με αυτόν, επιβάλλεται «φόρος χωρητικότητας» (tonnage tax) στις περισσότερες κατηγορίες πλοίων που φέρουν την ελληνική σημαία. Η επιβολή του εξαντλεί τη φορολογική υποχρέωση των πλοιοκτητών, των διαχειριστών και μεσαζόντων (όπως οι κατηγορίες αυτές εξειδικεύονται στον νόμο) μέχρι το επίπεδο του μετόχου, δηλαδή μέχρι και τη διανομή μερισμάτων.
Προσφάτως, μάλιστα, με τον νόμο 4336/2015, με τον οποίο προστέθηκε άρθρο 26α στον Ν. 27/1975, η επιβολή του φόρου χωρητικότητας επεκτάθηκε και στα πλοία με σημαία χωρών της Ευρωπαϊκής Ένωσης και του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου. Το παγιωμένο αυτό καθεστώς, που είχε ήδη κατοχυρωθεί στην Ελλάδα από το 1975, αποδείχθηκε τις επόμενες δεκαετίες ο πλέον αξιόπιστος και διαδεδομένος τρόπος φορολόγησης παγκοσμίως και υιοθετήθηκε από πλήθος χωρών με ανεπτυγμένο ναυτιλιακό κλάδο.
Ωστόσο, στις 21/12/2015, η Επιτροπή, με δελτίο τύπου, ανακοίνωσε ότι με την ολοκλήρωση της προδικασίας ελέγχου διαπιστώθηκαν στον νόμο 27/1975 μια σειρά διατάξεων που συνιστούν παράνομες κρατικές ενισχύσεις και, συνεπώς, προσκρούουν στις Συνθήκες (107 ΣΛΕΕ). Επιπλέον, ενόψει της έκδοσης της σχετικής απόφασης, η οποία αναμένεται να δημοσιευτεί στην Επίσημη Εφημερίδα της Ευρωπαϊκής Ένωσης στο αμέσως επόμενο διάστημα, η Ελλάδα οφείλει μέσα σε προθεσμία δύο μηνών από τη δημοσίευση της απόφασης να υποβάλει τις παρατηρήσεις της και πάντως να αποδεχθεί ή όχι την απάλειψη των διατάξεων που κατά την ερμηνεία της Επιτροπής θεωρούνται προβληματικές. Σε διαφορετική περίπτωση, σημειώνεται στο εν λόγω δελτίο τύπου, θα εκκινήσει η επίσημη διαδικασία έρευνας για την ύπαρξη κρατικών ενισχύσεων που προβλέπεται από τις Συνθήκες (108 ΣΛΕΕ).
Οι αιτιάσεις της Επιτροπής για διατάξεις που, σύμφωνα με την ερμηνεία της, είναι προβληματικές και θα πρέπει να ελεγχθούν με βάση την επίσημη διαδικασία (άρ. 108 ΣΛΕΕ) ως κρατικές ενισχύσεις εντοπίζονται στις ακόλουθες περιπτώσεις:
α) Στην εξάντληση της φορολογικής υποχρέωσης των μετόχων και εταίρων των πλοιοκτητριών εταιρειών με την επιβολή του tonnage tax.
β) Στη φορολόγηση βάσει tonnage tax εταιρειών που λειτουργούν ως μεσάζοντες και διαχειριστές υπηρεσιών (εταιρείες του άρ. 25 του Ν. 27/1975) που δεν αφορούν θαλάσσιες μεταφορές.
γ) Στη φορολόγηση βάσει tonnage tax αλιευτικών, ρυμουλκών και τουριστικών πλοίων.
Στις παραπάνω περιπτώσεις προτείνεται από την Επιτροπή αντιστοίχως:
α) Η εξάλειψη της απαλλαγής που αφορά τη φορολόγηση των μερισμάτων προς τους μετόχους των εταιρειών του ναυτιλιακού κλάδου που υπάγονται σε tonnage tax και η υπαγωγή τους στις διατάξεις του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος.
β) Η μη υπαγωγή σε tonnage tax των εταιρειών του άρ. 25 του Ν. 27/1975, όταν αυτές δεν παρέχουν υπηρεσίες που αφορούν θαλάσσιες μεταφορές, και η υπαγωγή τους στις κείμενες διατάξεις του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος.
γ) Η μη υπαγωγή σε tonnage tax αλιευτικών, ρυμουλκών και τουριστικών πλοίων, αλλά η υπαγωγή τους στις κείμενες διατάξεις του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος.
Όπως γίνεται αντιληπτό, παρότι η Επιτροπή δεν αμφισβητεί καταρχάς το φορολογικό καθεστώς της ναυτιλίας εν γένει, εντοπίζει –σύμφωνα με την ερμηνεία της– σημεία μη συμβατά με την πρωτογενή ενωσιακή νομοθεσία. Ωστόσο, τα σημεία αυτά στο σύνολό τους φαίνεται ότι ανατρέπουν σε σημαντικό βαθμό τον τρόπο φορολόγησης της ναυτιλίας στην Ελλάδα, καθώς μειώνουν την απόδοση των επενδύσεων και, ως εκ τούτου, επηρεάζουν αδιαμφισβήτητα την ανταγωνιστικότητα της ελληνικής ναυτιλίας όχι μόνον σε ευρωπαϊκό αλλά και, κυρίως, σε παγκόσμιο επίπεδο. Δεδομένου, δε, ότι το δελτίο τύπου της Επιτροπής έρχεται σε μια χρονική «συγκυρία» (;) κατά την οποία αναμένεται με ενδιαφέρον ο προσδιορισμός των προβλέψεων του τρίτου μνημονίου για τη ναυτιλία, μία εκ των οποίων προβλέπει ρητά τη «σταδιακή κατάργηση της ειδικής φορολογικής μεταχείρισης του ναυτιλιακού κλάδου», η αντιμετώπιση της Επιτροπής στις διαδικασίες που θα ακολουθήσουν είναι κρίσιμη για το μέλλον του ναυτιλιακού κλάδου και θα πρέπει να γίνει συντονισμένα.